ガンプラバトル世界大会決勝トーナメントに敗れた青年、ユウヒ・コマムラ。彼は帰り際にトラックに轢かれかけた少年を助け、トラックと衝突して意識を失ってしまう。……目が覚めたとき、自分の目の前にはアニメで何度となく見てきたコクピットがあった。触れたことも無い物だらけのはずが、何故か分かってしまう操作方法。何も分からぬまま、崩壊したヘリオポリス付近に居たアークエンジェルへと、彼は飛翔する。